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CCTVal colabora en importante proyecto internacional COVID@ATLAS

Mediante la disposición de los recursos informáticos del HPC Data Center, el Centro Científico Tecnológico de Valparaíso de la USM participa en el modelamiento del covid-19.

El uso de supercomputadores, capaces de almacenar, analizar y distribuir enormes volúmenes de datos, se ha transformado en una herramienta fundamental para combatir enfermedades, modelar el comportamiento de éstas y desarrollar tratamientos efectivos. Es así, como en los últimos meses han surgido múltiples proyectos orientados a controlar la pandemia del covid-19, incluyendo los que emplean computación distribuida.

Entre los proyectos de este tipo destaca Covid@ATLAS del experimento ATLAS, que se encuentra en el Centro Europeo de Investigación Nuclear (CERN), consistente en la disposición voluntaria de los recursos informáticos de su sistema de computación LHC (Worldwide LHC Computing Grid - WLCG). En esta red de servidores colaborativa, que es la más grande del mundo, participan alrededor de 170 centros de computación de más de 40 países, entre ellos el CCTVal con su cluster HPC Data Center, el cual fue incorporado hace un par de meses a esta iniciativa.

Parte de la capacidad de WLCG se orientó al uso exclusivo de los cálculos de Folding@Home (F@H), un proyecto que se originó en la Universidad de Stanford, hoy con sede oficial en la Escuela de Medicina de la Universidad de Washington de St. Louis, que estudia el plegamiento proteico y las enfermedades relacionadas usando métodos de computación distribuida, a través de los cuales se realiza investigación biomédica con el fin de modelar aspectos de diversas enfermedades como el cáncer, el Alzheimer y ahora el covid-19, además de buscar aplicaciones en el diseño de fármacos.

Dimensión informática del LHC

ATLAS es uno de los cuatro experimentos principales del Gran Colisionador de Hadrones (LHC) en el CERN. Para procesar los datos generados por el LHC -equivalentes a 15 petabytes o 15 millones de gigabyte- se necesita una gran potencia computacional. No hay un solo centro capaz satisfacer tal demanda, por ello, se creó la Grid. Este sistema de computación distribuida contiene cerca de 900 mil núcleos y su objetivo es proporcionar recursos informáticos para el almacenamiento, distribución y análisis de datos, como también brindar acceso en tiempo real a físicos de todo el mundo.

“Con el brote de la pandemia, CERN consideró la posibilidad de utilizar los recursos informáticos de ATLAS de forma más eficiente. Fue así, que decidió participar en F@H e invitó a las organizaciones con centros de cómputo en ATLAS a sumarse a este proyecto. Tras evaluar esta propuesta, el equipo directivo del CCTVal tomó la decisión de unirse a esta iniciativa. Después de realizar varias pruebas, que resultaron exitosas, nuestro clúster fue oficialmente incluido en el procesamiento de trabajos Covid@ATLAS”, comentó Yuri Ivanov, encargado del Data Center del CCTVal.

Desde abril hasta la fecha se han facilitado cerca de 60 mil núcleos a la iniciativa F@H, a través del proyecto Covid@ATLAS, en el cual el Centro Científico Tecnológico de Valparaíso está participando con la disposición de su centro de cómputo, contribuyendo de esta manera al modelamiento de la pandemia y la búsqueda de tratamientos capaces de combatir el virus del covid-19.

Escrito por Francisca Flores 13 · Jul · 2020

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